Im Kerngebiet des Böhmerwaldes liegen die Nationalparks Šumava und Bayerischer Wald. Gemeinsam bilden sie die größte zusammenhängende Waldfläche und eines der größten und artenreichsten Schutzgebiete Mitteleuropas. In den unzugänglichen Wäldern konnten sich seltene Tierarten wie Biber, Wildkatze, Fischotter, Elch und Auer- beziehungsweise Birkhuhn behaupten. Auch der Luchs ist seit den 1970er Jahren wieder heimisch. Allerdings schwankt seine Population vor allem aufgrund von illegalen Abschüssen leider sehr stark. Der ursprüngliche Fichtenwald in den Hochlagen ist durch Stürme und vor allem durch den starken Borkenkäferbefall der letzten 30 Jahren fast vollständig abgestorben. An seiner Stelle entsteht seit einigen Jahren ein neuer naturnaher Jungwald aus Ebereschen, Fichten und Buchen.

Für winterliche Touren in das Kerngebiet der zwei Nationalparks bieten sich auf tschechischer Seite die Dörfer Kvilda, Borová Lada, Modrava und Srní, auf deutscher Seite vor allem Mauth-Finsterau, Spiegelau und Lindberg an. Während auf der deutschen Seite viele bestens präparierte Loipen zu finden sind und sich auch bereits auf viele der (bekannten) Berge und Hügel eine ausgetretene Spur findet, kann man in Tschechien eher Pionierarbeit leisten. Zwar gibt es hier ebenfalls ein großes maschinell gespurtes Loipennetz, dennoch hat auch das Querfeldein-Skiwandern eine große Tradition. Mit den modernen Langlaufski wird man dabei allerdings keine rechte Freude haben. Zu tief sinkt man in den weichen Pulverschnee ein und zu schlecht lassen sie sich in abschüssigem Gelände steuern. Stattdessen gibt es spezielle Backcountry-Ski, die kürzer und breiter sind und meist auch Stahlkanten besitzen. Mit den BC-Ski oder mit Schneeschuhen steht einer einsamen Wintertour durch glitzernden, unberührten Schnee über die Hochlagen des Böhmerwaldes nichts mehr im Wege. Nur die Wegegebote für die zwei Nationalparks gilt es im Winter unbedingt zu beachten!