Dieser Formenreichtum und die dadurch entstehenden unterschiedlichsten klimatischen Bedingungen auf engstem Raum haben einen enormen Artenreichtum hervorgebracht. Allein die Vielfalt der hier vorkommenden Moose und Farne wird von keinem anderen deutschen Mittelgebirge erreicht. Aber auch seltenen Tierarten bietet die Region einen Lebensraum. So lebt der Luchs wieder in den Waldgebieten zwischen Sachsen und Böhmen, nachdem er bereits Mitte des 18. Jahrhunderts ausgerottet wurde, und auch Arten wie Wanderfalke und Gämse wurden wieder heimisch oder erfolgreich angesiedelt.
Seit 1990 wird der östliche Teil des Elbsandsteingebirges durch den Nationalpark Sächsische Schweiz geschützt, der auf tschechischer Seite nahtlos an den Nationalpark Böhmische Schweiz anschließt und mit jährlich 1,7 Millionen Besuchern zu den meistbesuchten Nationalparks in Deutschland zählt. Leider bringt diese starke touristische Nutzung auch Probleme mit sich, die nur schwer mit dem Wildnisanspruch eines Nationalparks zu vereinbaren sind. Die Zukunft wird zeigen, ob man einen Weg findet, beide Aspekte gebührend zu berücksichtigen.